農民合作社主要涉及到增值稅、增值稅附加稅、企業(yè)所得稅等，部分情況是免征的，具體來看看：

1、對農民專業(yè)合作社銷售本社成員生產的農業(yè)產品，視同農業(yè)生產者銷售自產農業(yè)產品免征增值稅。

如果銷售的不是本社成員生產的農產品，就必須按照規(guī)定繳納增值稅。

2、對農民專業(yè)合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅。

如果銷售的是上述六種商品之外的貨物，或者向本社成員之外的其他單位或個人銷售上述六種貨物，應當按照規(guī)定申報繳納增值稅。

3、農民合作社銷售的農業(yè)機耕、排灌、病蟲害防治、植保、農牧保險以及相關技術培訓業(yè)務，家禽、水生動物的配種和疾病防治項目免征增值稅。

4、農民合作社將土地使用權轉讓給農業(yè)生產者用于農業(yè)生產，免征增值稅。

如果將土地使用權轉讓給除農業(yè)生產之外的用途，是需要繳納增值稅的。

5、農民合作社從事蔬菜、谷物、薯類、油料、豆類、棉花、麻類、糖料、水果、堅果的種植，農作物新品種的選育，中藥材的種植，林木的培育和種植，牲畜、家禽的飼養(yǎng)，林產品的采集，灌溉、農產品初加工、獸醫(yī)、農技推廣、農機作業(yè)和維修等農、林、牧、漁服務業(yè)項目，遠洋捕撈項目的所得，免征企業(yè)所得稅。

6、農民合作社從事花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植，海水養(yǎng)殖、內陸?zhàn)B殖項目的所得，減半征收企業(yè)所得稅。

7、農民合作社直接用于農、林、牧、漁業(yè)生產用地，免征城鎮(zhèn)土地使用稅。

如果是其他用途，需要繳納城鎮(zhèn)土地使用稅。

8、對農林牧漁業(yè)用地和農民居住用房屋及土地，不征收房產稅和土地使用稅。

如果用于其他，需要征收。

9、對農民專業(yè)合作社與本社成員簽訂的農業(yè)產品和農業(yè)生產資料購銷合同，免征印花稅。

如果是社外、非農業(yè)產品、非農業(yè)生產資料，是需要按照規(guī)定繳納印花稅的。

10、建設直接為農業(yè)生產服務的生產設施占用林地、牧草地、農田水利用地、養(yǎng)殖水面以及漁業(yè)水域灘涂等其他農用地建房或者從事非農業(yè)建設的農用地的，不征收耕地占用稅。

除上述之外，是要按照規(guī)定申報繳納耕地占用稅的。

11、農民合作社的非機動車船(不包括非機動駁船)、拖拉機、捕撈(養(yǎng)殖)漁船免征車船稅。

其他車船是需要繳納車船稅的。

12、對農用三輪車免征車輛購置稅。農民專業(yè)合作社同樣適用。非農用三輪車是需要繳納車購稅的。

13、納稅人承受荒山、荒溝、荒丘、荒灘土地使用權，用于農、林、牧、漁業(yè)生產的，免征契稅。農民專業(yè)合作社適用。

14、對于征收的增值稅，應該按照規(guī)定繳納附加稅費，包括城市建設維護稅、教育費附加、地方教育附加。